Funbio fue creado en el año 1995 mediante una donación del GEF por un monto de 20 millones de dólares. Su establecimiento se derivó de la estrategia del gobierno brasileño de implementar el Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB) suscrito durante la cumbre de Río en 1992.
Funbio fue creado como fondo de amortización. En el contrato con el GEF se fijaron objetivos como el de contar con un gerente de activos externos profesional, capaz de realizar un mínimo rendimiento promedio del 6,5% por año; recaudar un monto mínimo de 5 millones de dólares en los primeros cinco años de operación; y el desempeño general de calidad.