Los mecanismos y las estrategias de gobernanza y decisión se encuentran entre los componentes básicos en la eficacia y eficiencia de un Fondo Ambiental (FA).
En términos generales, el que un FA cuente con una estructura de gobierno transparente, eficaz y responsable, apoyada por un sólido marco jurídico, puede aumentar sustancialmente sus probabilidades de éxito en la realización de sus proyecciones para la conservación y desarrollo, y el cumplimiento de sus objetivos en materia de gestión de fondos, formación de redes de contactos e incidencia. La buena gobernanza es indicio de una organización confiada y progresista, en la que los miembros de la Junta y los funcionarios del FA se encuentran al día en sus respectivas funciones y actividades, y cuyos servicios son bien planificados y administrados.